前身
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弗赖堡前身的两支球队同于1904年成立，分别是 3 月成立的 Freiburger Fußballverein 04 及 5 月成立的 FC Schwalbe Freiburg，两队经历多次更改名称，FC Schwalbe Freiburg 于1905年更名为 FC Mars，再于翌年改为 Union Freiburg；而 Freiburger Fußballverein 04 则于1909年更名为 Sportverein Freiburg 04。1912年两队合并成立弗赖堡体育俱乐部（Sportclub Freiburg），同时采纳弗莱堡造币厂的刻印狮鹫头作为队徽图案。
第一次世界大战后，弗赖堡体育俱乐部为了凑足人数而在 1918 年和弗赖堡足球俱乐部（Freiburger FC，简称 FFC）暂时联合组成 KSG Freiburg。1919 年 12 月 13 日弗赖堡体育俱乐部做为足球部门并入 Freiburger Turnerschaft von 1844（前身： Freiburger TV 1844 ），然而由于体操部门和其他体育部门的纷争，球员们在 1924 年退出并重建了弗赖堡体育俱乐部，但之后两者再度合而为一。
第二次世界大战结束后盟国管制理事会解散了德国大部分的组织，包括各种足球及体育俱乐部在内。过了大约一年俱乐部获准重建，但必须改名以和刚过去的纳粹时代区隔，俱乐部此时叫做 VfL Freiburg，到了 1949 年管制放松，便回复了旧名 Freiburger Turnerschaft von 1844。1952 年足球员再一次离开并建立了持续至今日的弗赖堡体育俱乐部。胡贝尔特．法夫（Hubert Pfaff）是俱乐部第一任主席。
成立初期
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1978/79 弗赖堡体育俱乐部升级德乙后的赛季名次变化
弗赖堡体育俱乐部长久以来一直被同城的弗赖堡足球俱乐部压制。1933 年取得了新成立的顶级巴登省际联赛参赛资格，却以最后一名降级。1934 到 1937 年间在上巴登区级联赛四次获得升级附加赛资格，却无一挑战成功。直到第二次世界大战时省际联赛被划分成越来越多更小的区域，俱乐部终于得以数次跻身顶级联赛，但并没有踢出什么了不起的成绩。
战后弗赖堡体育俱乐部在西南高级联赛踢了五年。1950 到 1978 年间则一直待在第三级的南巴登业余联会联赛，1965 年和 1968 年各有一次机会晋升到南部地区联赛，但都没能通过升级附加赛。
弗赖堡体育俱乐部的冉冉上升和弗赖堡足球俱乐部的没落始于 1972 年后者管理层的一个错误判断。当时担任弗赖堡经济管理处处长的阿希姆．施托克提议给予 FFC 金援却遭到拒绝，于是他转而接洽弗赖堡体育俱乐部，而后担任俱乐部主席直到 2009 年 11 月 1 日过世为止。
FFC 在 1974 年降级至弗赖堡体育俱乐部所在的业余联赛，1977 年再度升级。弗赖堡体育俱乐部紧接着在 1978 年也升入德乙，此后多半时候排名在同城对手之前。FFC 在 1982 年降级，弗赖堡体育俱乐部则维持在德甲中游，并自此取代前者成为弗赖堡的主流足球队。
2001 年一月弗赖堡体育俱乐部接收了 FFC 的默斯勒球场，以此处为基地建立了培育青年球员的弗赖堡足球学校。
芬克时代（1991–2007）
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福尔克·芬克，弗赖堡体育俱乐部主教练（1991-2007）
赛季
联赛
名次
进失球
积分
1991/92
德乙南部联赛
3
41:25
28:16
1992/93
德乙
1
102:57
65:27
1993/94
德甲
15
54:57
28:40
1994/95
德甲
3
66:44
46:22
1995/96
德甲
11
30:41
42
1996/97
德甲
17
43:67
29
1997/98
德乙
2
57:36
61
1998/99
德甲
12
36:44
39
1999/00
德甲
12
45:50
40
2000/01
德甲
6
54:37
55
2001/02
德甲
16
37:64
30
2002/03
德乙
1
58:32
67
2003/04
德甲
13
42:67
38
2004/05
德甲
18
30:75
18
2005/06
德乙
4
41:33
56
2006/07
德乙
4
55:39
60
绿色：赛季末升级红色：赛季末降级
1991 年俱乐部从诺德施特体育俱乐部请来佛尔克·芬克做主教练，他曾在 1990 年带领哈韦瑟俱乐部升级德乙，也从那里带来了三个旧部：施特凡．贝内金、延斯．托特和托马斯．福格尔。他的助理教练由阿希姆．萨施特担任。1991/92 赛季德乙分为南北两区，各有十二只球队参赛，各自的冠军可以升入德甲。弗赖堡在前廿二轮的积分赛中领先，却在后十轮的升级循环赛中被萨布吕肯超越而错过升级机会。隔年南北区合并的 1992/93 赛季弗赖堡从第七轮起便一路领先，赛季末历史上首次升入甲级。
第一个德甲赛季弗赖堡深陷降级区，他们在最后三轮取得三连胜，以相同积分但较佳的净球数挤下纽伦堡而保级。
接下来的 1994/95 赛季成绩大跃进，其中最惊人的是第二轮以五比一击败特拉帕托尼率领的拜仁慕尼黑。赛季最后弗赖堡共取得廿胜，以 3 分及 2 分之差紧随多特蒙德及云达不来梅之后获得季军，并史无前例取得 1995–96年欧洲足协杯参赛资格，然而隔年在第一轮即以两回合累计 1-2 被布拉格斯拉维亚（Slavia Prague）淘汰。
核心球员如 Rodolfo Esteban Cardoso 的离队使球队成绩难以维持。1997 年弗赖堡只能获得第 17 名而降级，但翌年即夺得德乙亚军回升德甲。再次在顶级联赛逗留四季，成绩最好是2000/01年球季获得第 6 名，再战欧洲足协杯，这次直到第三轮才被当届冠军费耶诺德淘汰。
需要兼顾两条战线的弗赖堡于 2002 年只能排第 16 位降级，翌季再夺德乙冠军升级德甲，但这次只留在德甲两季，于 2005 年以第 18 名第三度降级。本赛季弗赖堡仅取得三胜，积分 18 分，是采用三分制以来德甲出现是最差成绩。
2006/07年德乙上半程弗赖堡表现低迷。第十六轮以一比四输给卡尔斯鲁厄体育俱乐部后仅以 16 分积分排在第 14 名，赛后俱乐部宣布已和芬克达成协议将在赛季后更换教练，但在此之前仍将保级重任托付给芬克。[4]
2006/07年德乙上半程弗赖堡表现低迷，第十六轮以一比四输给卡尔斯鲁厄体育俱乐部后仅以 16 分积分排在第 14 名。俱乐部宣布已和芬克达成协议将在赛季后更换教练，但在此之前仍将保级重任托付给芬克。[4]接着球队打出一波十三场不败（十一胜二平）的战绩冲上积分榜前四，最后很可惜的以净球数之差屈居杜伊斯堡之后而错过升级机会。
下半程弗赖堡共拿下 41 分是德乙史上最高半程积分，部分球迷也开始推动“我们即芬克（Wir sind Finke）”运动，希望能召开临时会员大会重新讨论教练的去留问题，从而留住芬克[5]。然而这项提议并没有得到召开临时会员大会所需门槛 —— 超过四分之一会员数的支持，而事实上芬克在位最后两年和管理层之间的龃龉使得更换教练已是不得不为。
芬克在弗赖堡执教十六年，是德国职业足球史上执教一支球队最长的纪录，他的助理教练阿希姆．萨施特、体育主管安德烈亚斯．博内曼也和他同时离开。此外离队的球员有亚历山大·亚施维利、保巴卡·迪亚拉、索麦拉·库里巴利、伊布拉欣·坦柯、萨沙·里特和洛达·安塔尔。芬克执教期间是俱乐部史上最成功的时期。
近代（2007-）
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罗宾．杜特，弗赖堡体育俱乐部主教练（207-2011）
克里斯蒂安．施特赖希，弗赖堡体育俱乐部主教练（2011 年年底至今）
赛季
联赛
名次
进失球
积分
2007/08
德乙
5
49:44
55
2008/09
德乙
1
60:36
68
2009/10
德甲
14
35:59
35
2010/11
德甲
9
41:50
44
2011/12
德甲
12
45:61
40
2012/13
德甲
5
45:40
51
2013/14
德甲
14
43:61
36
2014/15
德甲
17
36:47
34
绿色：赛季末升级红色：赛季末降级
2007 年夏天罗宾·杜特接任主教练，同时迪尔克·杜夫纳接任体育主管。第一个赛季弗赖堡依然志在升级，但因为下半程开始的一段低潮期最终只拿到第五名。2008-09 赛季上半程结束时弗赖堡排名第三，下半程开始后以一波六连胜冲上第一，并在第卅一轮以一场五比二客场大胜科布伦茨足球俱乐部提前锁定德乙冠军及升级席位。2009-10 赛季弗赖堡在第卅三轮二比二和科隆战成平手提前保级，最后以卅五分积分名列当季第十四。2010-11 赛季上半程表现相当不错取得廿八分，但下半程状态下滑最后以四十四分积分拿下第九名。